目前没有绝对统一的“益生菌缺乏致病阈值”，但临床观察来看，当肠道内益生菌占总菌群比例低于50%，或是核心益生菌较健康状态减少30%以上时，大多会出现明显的身体异常问题。
1 不同人群的耐受标准不一样，不存在能套用所有人的固定数值。比如健康年轻人的基础菌群状态好，可能益生菌减少20%左右就会出现腹胀、排便不成形的问题，而本身肠道菌群老化的老年人，往往要等到益生菌减少40%以上才会出现明显的不适。
2 比起整体占比，核心功能益生菌的缺失幅度更值得关注。很多人整体益生菌占比没降到50%以下，但双歧杆菌、乳杆菌这类对消化免疫很重要的核心益生菌已经缺了一半以上，照样会出现反复便秘、容易过敏、换季就感冒这类问题。
3 益生菌缺乏是循序渐进的，刚缺乏10%-20%的时候大多是隐性的，只会偶尔出现放屁多、排便不规律的小问题，很难察觉，等到缺乏幅度超过30%，身体的不适症状才会变得明显、频繁，影响正常生活。