肠道菌群失调确实会诱发并加重脂肪肝，二者存在明确的因果关联。
1. 肠道菌群失调会改变能量与脂代谢过程，当有益菌减少、有害致病菌过度增殖时，会促进肠道吸收食物中多余的脂肪和碳水化合物，还会将未消化的营养转化为大量游离脂肪酸输送到肝脏，超出肝脏代谢负荷后，就会在肝脏形成脂肪堆积，诱发脂肪肝。
2. 肠道菌群失调会破坏肠黏膜屏障，有害菌产生的内毒素会通过受损的肠壁进入血液循环，引发全身慢性低度炎症，同时还会诱导胰岛素抵抗，这两种病理变化都会进一步促进肝脏合成甘油三酯、抑制脂肪分解，加速脂肪肝的发生发展。
3. 肠道菌群负责调控人体胆汁酸的代谢与肝肠循环，菌群失调后胆汁酸的组成和循环会发生紊乱，既会影响肝脏对脂肪的转运排出，还会导致胆固醇代谢异常，不仅会增加脂肪肝的发病风险，还会推动单纯性脂肪肝往更严重的脂肪性肝炎进展。