胃肠道功能主要受神经调节、体液调节、胃肠道局部自身调节三类核心因素共同调控，同时也会受饮食、情绪、生活习惯等因素间接影响。
1. 神经调节：它分为中枢层面的整体调控和外周自主神经的功能调节两部分，大脑中枢可以通过嗅觉、视觉感知到食物，提前让胃肠进入工作状态，启动蠕动和消化液分泌；而外周自主神经里，交感神经兴奋会抑制胃肠活动，副交感神经兴奋会促进胃肠蠕动和消化，比如人在过度紧张焦虑的时候交感神经占优势，就容易出现没胃口、便秘的情况，就是神经调节的结果。
2. 体液调节：主要依靠胃肠道分泌的各类胃肠激素，还有全身其他激素共同发挥作用，比如胃黏膜分泌的胃泌素可以促进胃酸分泌和胃蠕动，促胰液素、胆囊收缩素能协调胰液、胆汁排出，完成脂肪等营养的消化，还有像甲状腺激素、胰岛素这类全身激素，也会间接影响胃肠功能，比如甲亢患者胃肠蠕动偏快，经常会大便次数增多，就是这个原因。
3. 局部自身调节：这是胃肠道特有的调节机制，不依赖中枢神经就能完成局部调控，肠壁内自带完整的肠神经丛，能直接感知肠内容物的刺激、肠壁张力变化，快速调整蠕动速度和消化液分泌量，就算切断胃肠道和中枢的神经连接，胃肠基本的消化推进功能也能维持；除此之外肠道共生菌群也属于局部调节的重要部分，菌群代谢产生的短链脂肪酸等物质，会影响胃肠动力和黏膜屏障状态，进而调节整体消化功能。