中度肠道菌群失调是可逆转的，通过规范的生活和医学干预，多数人能在1-3个月内恢复稳定的肠道微生态平衡，不会造成不可逆的肠道损伤。
1. 遵医嘱规范用药调整
如果是长期服用抗生素、激素类药物诱发的菌群失调，在医生指导下停掉不必要的这类药物；之后按时补充外源性益生菌，常用的双歧三联活菌、乳杆菌等都可以，注意服用时水温不要超过40℃，坚持连续吃4-8周不要断断续续，同时可以搭配补充益生元，帮原生有益菌定植繁殖，效果会更好。
2. 调整饮食结构从根源改善
日常要严格减少高糖、油炸、深加工腌制食物的摄入，这类食物会助长有害菌繁殖；日常多吃全谷物、带皮的新鲜蔬果这类高膳食纤维食物，搭配每天吃一点无添加糖的发酵食物，比如无糖酸奶、自制低糖泡菜、纳豆，给有益菌提供养分；还要保持规律饮食，不要暴饮暴食，也不要长期节食减重，避免进一步打乱肠道环境。
3. 调整生活习惯稳定菌群状态
不要长期熬夜，熬夜会直接打乱肠道的代谢节律，影响菌群平衡；养成每天固定时间排便的习惯，不要憋便，避免粪便长期堆积改变肠道环境；如果长期压力大、精神焦虑，要及时通过运动、社交等方式疏解，交感神经长期兴奋会抑制有益菌活性；另外不要自行长期服用泻药、通便类保健品，这类产品很容易加重菌群失调。