肠道菌群失调引发发烧，需先对症控制体温，同时调理肠道菌群，症状严重或持续不退时要及时就医干预。
1、先对症做降温处理：体温低于38.5℃且没有明显强烈不适的话，优先选择物理降温，多喝温热水补充水分，用温水擦拭颈部、腋窝、腹股沟这些大血管走行的部位帮助散热；如果体温超过38.5℃，或是头痛、全身酸痛的不适感很强，可以遵说明书服用布洛芬、对乙酰氨基酚这类常用退烧药，注意不要自行服用抗生素，避免进一步加重肠道菌群紊乱。
2、同步调理肠道菌群：可以外源性补充双歧杆菌、酪酸梭菌、布拉氏酵母菌这类正规益生菌制剂，日常也可以搭配少量无糖原味酸奶辅助调理；期间饮食要保持清淡好消化，避开辛辣、油腻、生冷的刺激性食物，减轻肠道负担，如果伴随有频繁腹泻，要及时喝口服补液盐预防脱水。
3、及时就医处理严重情况：如果发烧持续超过48小时没有好转趋势，或是出现了39℃以上的高烧、剧烈腹痛、脓血便、皮肤干瘪、尿量减少等脱水或感染加重表现，要及时到医院就诊，完善血常规、便常规等检查，明确是否合并了病原微生物感染，遵医嘱进行针对性治疗，切不可拖延。