针对普通胃肠不适，优先选择含乳杆菌属、双歧杆菌属的复合益生菌效果更好，急性腹泻可优先选布拉氏酵母菌，反复肠道敏感不适可以针对性选罗伊氏乳杆菌这类特定菌株。
1. 日常因饮食不规律、吃撑消化不良、轻微便秘或者一过性肠道菌群紊乱引起的不适，选嗜酸乳杆菌、植物乳杆菌、长双歧杆菌这类人体原籍菌搭配的复合益生菌就很好。这些菌株本身就是健康肠道里原本就有的优势菌群，补充后能更快帮助调整菌群平衡，改善肚子胀、嗳气、排便不通畅的问题，普通人日常调节用这类也很安全。
2. 吃坏东西导致的急性腹泻，或者抗生素使用后引起的肠道不适，优先选布拉氏酵母菌。它属于真菌类益生菌，不会被抗生素杀灭，吃抗生素的同时也可以正常补充，能缩短腹泻病程，缓解拉肚子带来的胃肠不适，是临床上很常用的腹泻辅助调节益生菌。
3. 经常反复出现肠敏感、腹痛拉肚子，或是确诊肠易激综合征的情况，可以针对性选含罗伊氏乳杆菌（尤其是DSM17938菌株）的益生菌。不少临床研究都证实这个菌株能降低肠道敏感性，减轻反复的腹痛腹胀，对这类慢性反复发作的胃肠不适，调节效果比普通复合益生菌更有针对性。