大部分常见有益菌是单细胞生物，仅广义范畴内的部分多细胞有益真菌不属于单细胞。
1，我们日常生活中提到的有益菌大多是指调节人体肠道环境的益生菌，比如双歧杆菌、乳酸菌、嗜酸乳杆菌这些，这类有益菌都属于细菌，而所有细菌都是单细胞原核生物，仅靠一个细胞就能完成繁殖、代谢等全部生命活动。
2，对人类有益的真菌类里，常见的有益成员也多是单细胞，比如用来发面、酿酒的酵母菌，就属于单细胞真菌，一个酵母个体就是一个完整的功能细胞。
3，只有在广义定义下，把大型食用有益真菌也归为有益菌时，才会有多细胞的情况，比如我们日常吃的香菇、猴头菇这类对人体有益的大型真菌，本身是多细胞生物，但它们一般不会被归到大众语境说的“有益菌”范畴里。