膜蛋白存在的三种方式包括：
1. 跨膜蛋白：跨膜蛋白是一类能够穿过细胞膜的蛋白质。它们通常由一段或多段互相连接的螺旋状、折叠状或β折叠状的结构域组成，可以跨越细胞膜的双层，并与其内外两侧的环境相互作用。跨膜蛋白在细胞内外之间传递信号、调节物质的通道、参与细胞识别等方面发挥重要作用。
2. 嵌入膜蛋白：嵌入膜蛋白是指部分域或具体区域嵌入到细胞膜中的蛋白质。这些蛋白质通常由靠近细胞膜的一段或几段结构域组成，可以通过疏水性相互作用与细胞膜相互作用。嵌入膜蛋白在参与细胞信号传导、细胞膜结构的稳定性和功能的调节等方面发挥重要作用。
3. 膜外蛋白：膜外蛋白是指存在于细胞膜界面的蛋白质。它们通过与细胞膜上的其他蛋白质或分子相互作用，参与信号传导、细胞黏附等重要的细胞功能。膜外蛋白通常通过具有特定结构域的蛋白质片段或信号肽与细胞膜相互作用，从而实现其功能。