粪大肠菌群主要包括以下菌：
1. 大肠杆菌（Escherichia coli）
2. 肠球菌（Enterococcus）
3. 粪链球菌（Streptococcus faecalis）
4. 肠杆菌（Klebsiella）
5. 梭菌（Clostridium）
6. 厚壁菌（Bacteroides）
7. 绿脓杆菌（Pseudomonas aeruginosa）
8. 硫酸盐还原菌（Desulfovibrio）
9. 臂球菌（Bifidobacterium）
10. 双歧杆菌（Lactobacillus）等。