细菌的命名法是由拉丁文单词组成的双名法（binomial nomenclature），也就是两个名称的命名法。第一个名称是属名（genus），第二个名称是种名（species）。例如，大肠杆菌的学名是Escherichia coli，其中Escherichia是属名，coli是种名。
属名通常是以人名、地名、物种名或描述特征命名的。种名通常是描述细菌形态、特征、来源等的形容词或名词。
命名法的标准是由国际细菌命名委员会（International Committee on Systematics of Prokaryotes）管理，以确保所有新的细菌命名符合一致的标准。