常见的益生菌菌种包括：
1. 双歧杆菌（Bifidobacterium）
2. 乳酸菌（Lactobacillus）
3. 酵母菌（Saccharomyces）
4. 嗜酸乳杆菌（Lactococcus）
5. 枯草杆菌（Bacillus coagulans）
6. 弯曲杆菌（Enterococcus faecium）
7. 鼠李糖乳球菌（Streptococcus thermophilus）
8. 肠球菌属（Enterococcus）
9. 枯草芽胞杆菌（Bacillus subtilis）
10. 美国肠杆菌（Escherichia coli）等。