长期肠道功能紊乱可以通过调整饮食、生活习惯和药物治疗等方法进行治疗，但需要根据不同病因进行诊断和治疗。一些常见的肠道功能紊乱病因包括消化不良、炎症性肠病、肠易激综合征、腹泻等。治疗方法包括：
1. 饮食调整：建议减少高脂肪、高纤维、高咖啡因等易导致肠道不适的食物，增加新鲜水果、蔬菜、全麦面包等富含纤维的食物。
2. 生活习惯改善：适量运动、保持规律的睡眠、减轻压力等可以促进肠道健康。
3. 药物治疗：根据病因和症状应用相应的药物，如抗生素、抗炎药、止泻药等。
4. 手术治疗：对于严重的病症可以考虑手术治疗。
长期肠道功能紊乱可以***或者缓解，但需要结合具体情况进行治疗。