1. 细胞结构：古生菌与细菌的细胞结构有很大的区别，细菌细胞壁由肽聚糖构成，而古生菌的细胞壁中则没有肽聚糖。古生菌和细菌的细胞膜化学成分也不同。
2. 生存环境：古生菌可以生存于极端环境下，如高温、高压、酸性、碱性、高盐等极端条件，而细菌的生存环境相对比较温和。
3. 基因组：古生菌的基因组与细菌的基因组也有很大的区别，古生菌的基因组相对较大，拥有许多的基因家族，而细菌的基因组相对较小。
4. 代谢途径：古生菌和细菌的代谢途径也不同，古生菌通过一些独特的代谢途径进行能量产生，如甲烷发酵、硫酸盐还原等，而细菌则主要通过糖分解、氧化还原等代谢途径产生能量。
古生菌和细菌在细胞结构、生存环境、基因组、代谢途径等方面有很大的区别。