有以下几种方法可以清除肠道有害菌：
1. 增加益生菌摄入：通过饮食或口服益生菌制剂增加肠道内益生菌的数量，从而竞争性地抑制有害菌的生长。
2. 饮食调整：减少摄入高脂、高糖、高纤维素等易导致有害菌滋生的食物，增加膳食纤维、水果、蔬菜、全谷类等对肠道有益的食物。
3. 多喝水：保持体内水分充足，可以促进肠道排便，减少有害菌在肠道停留的时间和机会。
4. 使用抗生素：抗生素可以针对特定的有害菌进行治疗，但需遵医嘱使用。
5. 肠道灌洗：严重的肠道感染或慢性便秘可考虑进行肠道灌洗，清洗肠道内有害菌和毒素。
6. 避免不良生活习惯：避免长时间久坐、过度饮酒等不良生活习惯，从根源上避免有害菌滋生的环境。