人类肠道中的基础菌主要包括以下几种：
1. 双歧杆菌（Lactobacillus）
双歧杆菌是一种常见的益生菌，对人体有益，能够维持肠道内菌群平衡，并有助于消化和吸收营养物质，还能够防止有害菌的繁殖和感染。
2. 双歧链球菌（Bifidobacterium）
双歧链球菌是一种与双歧杆菌同样重要的益生菌，能够促进肠道内营养物质的吸收，增强肠道免疫力，也有降低肠胃道感染的风险。
3. 巨大芽孢杆菌（Clostridium）
巨大芽孢杆菌是一种产生乳酸和短链脂肪酸等物质的良性菌群，能够抑制有害菌的生长，提高肠道内益生菌的数量。
4. 球菌和梭菌（Enterococcus和Enterococcus faecalis）
球菌和梭菌是一种广泛存在于人类肠道内的细菌，能够帮助维持肠道环境的稳定性，促进营养物质的吸收和代谢。
5. 嗜酸乳杆菌（Lactococcus）
嗜酸乳杆菌产生益生物质并协助肠道内益生菌的繁殖，对调节肠道内的微生态平衡有一定的帮助。
以上这些菌群是肠道内的基础菌种，它们互相协作，共同形成一个稳定的微生态环境，对健康的维护和促进起到了至关重要的作用。