1. 饮食习惯不良：长期高脂、高糖、高盐、高蛋白等不良饮食习惯会使肠道内的菌群结构发生改变。
2. 长期进食过多的抗生素：抗生素能杀死细菌，包括对人体有益的肠道菌群，长期进食过多的抗生素会导致肠道菌群失调。
3. 免疫系统失调：身体免疫系统失调也会影响肠道菌群的平衡，例如自身免疫疾病和免疫抑制剂的长期使用会改变肠道菌群。
4. 去除胆囊：胆汁能杀死一部分细菌，如果去除胆囊，胆汁分泌会减少，导致肠道菌群失调。
5. 压力过大：长期的精神压力会导致肠道运动减缓，影响菌群的分布，从而导致失调。
6. 慢性肠炎和肠道感染：长期的慢性肠炎和肠道感染会显著影响肠道菌群的平衡。