1. 滥用抗生素：抗生素可以杀死细菌，但不仅杀死有害菌，也会破坏有益菌，对肠道菌群产生不利影响。
2. 饮食结构与习惯：食用过多精加工的食品、含糖量高的食品、脂肪含量高、添加剂多、色素多的食品，缺乏食物纤维素等食品，都会破坏肠道菌群平衡。
3. 污染的饮用水：水中的细菌和微小生物可能会破坏肠道菌群。
4. 感染性疾病：感染性疾病的存在可能对肠道菌群造成负面影响。
5. 毒素：例如酒精、吸烟、药物、环境污染物等，都可能对肠道菌群产生负面影响。
6. 常规消毒：在医院等场所，常规消毒可能会杀死有益菌，破坏肠道菌群平衡。
7. 压力和焦虑：焦虑和压力可能会导致肠道菌群不平衡，在长期的压力和焦虑情况下，会增加出现消化问题的风险。