真细菌和古细菌分别属于两个不同的细菌域，其主要区别如下：
1. 生存环境不同：真细菌多数生活在常见的环境里，如土壤、水、空气、人体等；而古细菌生存环境多为极端环境，如高温、高压、高酸碱度、高盐度等。
2. 细胞结构不同：真细菌和古细菌在细胞结构上有很多不同之处。例如，真细菌细胞壁主要是由肽聚糖构成，而古细菌则没有肽聚糖，其细胞壁由一种特殊的聚糖构成。
3. 基因组不同：古细菌基因组较为简单，通常只有一个单环的染色体；而真细菌则有多个染色体或线性的染色体，其基因组较为复杂。
真细菌和古细菌虽然都是细菌，但其生存环境、细胞结构和基因组等方面都有很多不同之处。