发好的新鲜豆芽最合适的保存方式是预处理后密封放冰箱冷藏，可保存2-3天保持脆嫩新鲜，无冷藏条件可临时用凉白开浸泡短存，不建议冷冻保存。
1 提前分拣控干水分
先把豆芽里发黑发软、断烂变质的残次豆芽全部挑出来，坏豆芽会很快滋生细菌连累好豆芽变质。如果已经提前清洗过豆芽，要把表面附着的多余水分***沥干，带水存放会加速豆芽腐坏，没清洗过的豆芽保持干爽状态即可。
2 密封后放入冰箱冷藏
把处理好的豆芽装进干净无油的保鲜袋或者带盖保鲜盒里，装保鲜袋要挤出袋内多余空气后系紧袋口，装保鲜盒直接盖紧盒盖就可以。之后把包装好的豆芽放进冰箱冷藏室中层存放，尽量不要贴在冰箱内壁，避免温度过低冻伤豆芽影响口感，这样存放能保持2-3天的新鲜度。
3 无冷藏条件的临时存放方法
如果没有冰箱，找一个干净无油无水的盆，把豆芽放进去后倒入没过豆芽的凉白开，不能用未经烧开的生水，生水里面的细菌会加快豆芽变质。把盆放在阴凉避光通风的地方，这样可以临时存放1天左右，吃之前把豆芽捞出来用清水淘洗一遍即可。