会引起关节周围肌肉萎缩的肠道疾病主要有三类，分别是炎症性肠病、乳糜泻、短肠综合征。
1、炎症性肠病。这是目前临床最常见的关联疾病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎两种。一方面这类疾病会长期反复出现腹泻、便血，不仅会造成蛋白质等营养物质大量流失，还会影响肠道正常吸收，身体长期处于营养摄入不足的状态，肌肉得不到足够原料合成，就会逐渐出现萎缩；另一方面炎症性肠病常会并发肠病性关节炎，关节长期肿胀疼痛，患者不敢正常活动，关节周围的肌肉长期不受力就会出现废用性萎缩，同时体内持续存在的炎症因子也会干扰肌肉正常代谢，加重萎缩进展。
2、乳糜泻。这是一种麸质不耐受诱发的自身免疫性肠道疾病，发病后小肠绒毛会受到破坏，肠道吸收能力大幅下降。长期吸收障碍会导致蛋白质、B族维生素、钙质等多种和肌肉、关节健康相关的营养物质摄入不足，肌肉合成跟不上消耗就会慢慢萎缩；还有部分乳糜泻患者会伴发自身免疫性关节损伤，关节活动受限后，也会继发关节周围肌肉萎缩。
3、短肠综合征。这类疾病大多是因为大面积小肠切除手术后，残留的肠道吸收面积不足以满足身体营养需求导致的。患病后患者长期处于营养摄入不足的负氮平衡状态，身体会不断分解肌肉来供给基础能量消耗，慢慢就会出现全身多处包括关节周围的肌肉萎缩，加上不少重症患者需要长期卧床，活动量极低，肌肉萎缩的进展速度会更快。