规范合理使用炮制得当的鸡内金，可正向调节肠道菌群，帮助改善菌群失调状态，但若长期过量不对症使用，反而会打乱原有肠道菌群的平衡。
1. 鸡内金含有的胃激素、角蛋白、多种氨基酸等活性成分，能够促进胃肠消化、加快胃肠蠕动，优化肠道内部的生存环境，更有利于双歧杆菌、乳杆菌等有益菌的生长定植，同时可以抑制有害腐败菌的过度繁殖，调整有益菌和有害菌的占比结构。
2. 针对病理状态下的肠道菌群紊乱，比如食积不化、抗生素使用后引发的菌群失调，鸡内金还能帮助修复受损的肠黏膜屏障，减少有害菌及其代谢毒素对肠黏膜的侵袭，同时提升肠道菌群的多样性，帮助紊乱的菌群逐步恢复稳态。
3. 不规范使用鸡内金会对肠道菌群产生负面影响：长期过量服用会过度刺激肠道，改变肠道原本的酸碱环境和蠕动节律，反而会抑制部分有益菌的活性，打破原有平衡的菌群状态；炮制不当的生鸡内金刺激性更强，对肠道菌群的干扰也会更明显。