黄豆变紫色主要是品种自身性状、氧化反应、微生物侵染三种原因导致的。
1、部分特殊黄豆品种本身就携带紫色种皮的表达基因，生长成熟后种皮自然会呈现出紫色或者分布不规则的紫斑，这是正常的品种性状，只要没有异味变质就可以正常食用。另外大田种植的普通黄豆如果感染了紫斑病，收获后种皮也会留下紫色斑块，这属于种植过程中染病导致的变色。
2、储存不当引发氧化变色。黄豆储存环境湿度大、温度高，或者黄豆本身种皮有破损，黄豆内部含有的多酚类物质会大量接触空气，发生氧化反应后生成带紫色的醌类物质，慢慢就让黄豆整体或局部变成紫色。
3、产色素霉菌污染导致变色。黄豆收获后没有充分晾晒干燥，长期储存时含水量超标，很容易被能分泌紫色色素的霉菌侵染，霉菌繁殖过程中产生的色素会附着甚至渗透到黄豆内部，让黄豆变色，这类变色的黄豆已经发霉变质，存在健康风险，不能食用。