头孢类抗生素会对人体肠道共生菌群造成明显破坏，可引发短期肠道菌群失衡，部分特殊人群还可能出现长期难以恢复的菌群紊乱，进而诱发多种肠道及全身性健康问题。
1，首先会造成短期的直接微生态冲击：不管是口服还是静脉给药的头孢，最终都会有药物成分进入肠道，而且它无法区分有害致病菌和有益共生菌，会无差别杀灭肠道内多种敏感有益菌（比如双歧杆菌、乳杆菌这类对人体有益的核心共生菌），快速降低肠道菌群的物种丰度和多样性，打破原本稳定的平衡状态，多数人吃头孢后出现的腹泻、腹胀、消化不良，本质就是菌群被破坏引发的短期反应。
2，不同类型头孢对肠道菌群的影响程度差异较大：相较于一代窄谱头孢，覆盖菌种范围更广的三代、四代广谱头孢对肠道菌群的冲击性更强；而口服不被肠道吸收的头孢类药物，因为在肠道内的药物浓度更高，对肠道菌群的影响也明显高于同抗菌谱的注射用头孢。
3，远期影响存在明显的个体差异：健康成年人短期小剂量使用头孢，停药后1~2个月左右肠道菌群大多能自行恢复到基线水平；但如果是大剂量长期用药，或是老人、yingyou儿、免疫功能低下、本身存在肠道基础疾病的人群，菌群紊乱可能持续数月甚至数年，不仅会诱发艰难梭菌感染、肠易激综合征等肠道疾病，还可能通过菌群-免疫轴、菌群-代谢轴增加过敏、代谢异常等问题的发生风险，yingyou儿阶段使用头孢影响菌群正常建立，甚至可能对免疫发育产生远期不良影响。