肠道水疗是由专业人员操作，借助专用仪器将过滤控温后的温纯水注入结肠，软化排出肠道积存粪便和代谢残留物的肠道清洁操作，具体流程如下：
1. 术前准备与体位摆放：操作前医生会先确认受术者没有禁忌症，严重肛肠疾病、肠道**、心脑血管疾病急性期都不适合做这项操作，确认符合条件后，受术者需要换上专用的开裆护理裤，侧躺在水疗专用操作床上，医生提前调好水的温度，一般控制在37-38℃，接近人体体温，同时调试好仪器的安全压力。
2. 置管注水浸润：医生会把经过润滑的一次性细导管轻轻插入肛门约3-5厘米，之后开启仪器控制流速，将温纯水缓慢注入结肠内，过程中会随时询问感受调整水压和水流速度，还会顺时针轻按腹部，帮助水分充分浸润结肠壁，软化干结的积存粪便。
3. 排废循环完成操作：注入一定量水分后，会开启引流通道，让混着粪便残渣的污水通过专用管路排出体外，之后重复「注水浸润-引流排出」的循环3-5次，直到引流出来的液体清亮无明显固体残渣，就可以拔出导管，整个操作就完成了。