全麦粉发黑是因为它保留了整粒小麦中颜色较深的麸皮和胚芽，而非只提取浅色的胚乳部分，是天然结构和成分决定了它颜色偏深发黑。
1 原料结构和普通精面粉有本质区别。普通精面粉只保留了小麦中间乳白色的胚乳部分，会筛掉外层深褐色的麸皮和胚芽，胚乳主要成分是白色淀粉，磨出的粉自然洁白。而全麦粉是整粒小麦直接研磨，完整保留了麸皮、胚芽这些外层结构，深色调的麸皮混在粉中，整体就会发黑发暗。
2 自带的天然有色成分加深了整体颜色。麸皮中除了膳食纤维，还含有大量多酚、类黄酮等天然有色物质，胚芽中也含有胡萝卜素等带色营养成分，这些成分本身颜色偏深，均匀混合在淀粉中后，不管研磨得有多细，都没办法让粉的颜色变得和精面粉一样洁白。
3 加工和储存也会让颜色进一步加深。多数全麦粉不会做过度提纯处理，不少产品还会额外添加麸皮来满足国标对全麦粉的定义要求，额外添加的麸皮会进一步加深整体颜色；另外全麦粉保留了活性胚芽，胚芽中的油脂长时间接触空气后会出现轻微氧化，也会让粉的颜色慢慢变得更深。