煮豆芽变黑主要是氧化反应、豆芽变质、容器水质发生化学反应这三类原因导致的。
1. 多酚氧化是最常见的情况。新鲜豆芽本身含有多酚类物质和多酚氧化酶，在运输、清洗、摘拣的过程中，豆芽娇嫩的表皮很容易被碰破，细胞破裂后，酶和多酚接触到氧气，就会启动氧化反应生成黑褐色的物质，加热煮制的时候，温度升高还会加速这个反应，所以煮好的豆芽就会发黑，一般只有破损部位变色，整体没有异味的话不影响食用。
2. 豆芽本身变质也会发黑。豆芽含水量大，本身又比较娇嫩，存放环境潮湿闷热的话很容易腐烂变质，微生物大量繁殖后会产生有色的代谢产物，就会让豆芽整体变黑，这种豆芽通常还会伴随发黏、发酸、发臭的异味，这种变黑的豆芽已经带有有害代谢物，不能继续食用。
3. 容器和水质引发的化学反应。如果用没有做过防锈处理的铁锅或者铁制容器煮豆芽，豆芽里的多酚类物质会和铁容器析出的铁离子发生反应，生成黑褐色的酚铁化合物，就会让豆芽染上黑色，另外如果水质偏硬，水中含有的金属离子比较多，也可能触发这类变色反应。