正常情况下免疫细胞不会攻击寄居于黏膜表面的共生有益菌，只有在特殊情况才会发生攻击。
1 共生有益菌和免疫系统长期磨合，形成了稳定的免疫耐受。我们的肠道、皮肤这些常驻有益菌的部位，免疫细胞从小就和这些有益菌共存，会识别它们的特征标记，不会触发杀伤性的免疫应答，反而会通过调节机制维持和平共处的状态，还会构建黏膜屏障把有益菌限制在既定区域，既不会乱攻击也能避免有益菌越界。
2 免疫紊乱时免疫耐受被打破，可能出现误攻有益菌的情况。长期的应激、炎症刺激或者本身患有免疫相关疾病时，免疫系统的“敌我识别”机制出错，识别能力下降，就会把共生有益菌判定为有害病原体发起攻击，这种攻击还会进一步破坏黏膜屏障，反过来加重菌群失衡。
3 有益菌越界移位时，免疫细胞的攻击属于正常防御。如果因为黏膜破损、手术创伤等原因，原本待在肠道里的有益菌跑到了血液、腹腔等原本无菌的身体内部组织，免疫细胞就会启动清除机制攻击这些移位的细菌，这并不是错误攻击，而是身体防止感染扩散的正常保护反应。