肠道免疫细胞同时分布在大肠和小肠，并不只存在于某一段肠道中，只是在不同肠段的分布数量、类型和功能有区别。
1 小肠内存在大量功能特化的免疫细胞。小肠是食物消化吸收的主要场所，也是最先接触外来食源抗原、病原体的肠段，本身就需要免疫细胞守护防线。除了黏膜上皮层散在的上皮内淋巴细胞，小肠还分布有专门的免疫集结结构派尔集合淋巴结，里面富集了T细胞、B细胞等多种免疫细胞，负责第一时间阻断入侵的病原体，启动肠道免疫应答。
2 大肠的免疫细胞总含量比小肠更高。大肠是肠道共生菌群的主要定居区域，肠腔内细菌数量可达肠道总细菌量的99%以上，需要更多免疫细胞维持菌群稳态、避免菌群移位入侵人体组织。大肠的固有层中大量分布着巨噬细胞、浆细胞、调节性T细胞等免疫细胞，时刻监控菌群状态，平衡过度免疫反应，避免肠道炎症发生。
3 不同肠段的免疫细胞只是功能侧重不同，不存在“只在某一段”的情况。整个肠道从十二指肠到直肠，黏膜层和固有层都持续有免疫细胞分布，只是根据不同肠段的生理任务调整了分布密度和细胞类型。小肠免疫细胞更侧重快速应对食源性病原体，大肠免疫细胞更侧重长期维持共生菌群平衡，共同构成完整的肠道免疫屏障。