黄豆泡发芽过程中发臭，本质是操作不当引发杂菌大量繁殖，分解黄豆的养分产生了带有异味的代谢产物。
1 提前选豆和容器处理不到位。挑黄豆的时候没把提前发霉、破损的坏黄豆拣出去，坏豆本身携带大量杂菌，泡发时会直接污染整批黄豆和泡豆水；如果泡豆、发芽的容器没有清洗干净，残留油污、旧杂质也会带入大量杂菌，埋下发臭的隐患。
2 泡发时缺氧又不换水。很多人泡黄豆会一直泡在满水不透气的环境里，全程不换水，黄豆呼吸会快速消耗水中的氧气，形成适合厌氧杂菌繁殖的缺氧环境，加上如果环境温度偏高（比如夏天25℃以上的室温），杂菌繁殖速度会更快，大量分解黄豆中的蛋白质等成分，产生硫化氢这类带臭味的物质，黄豆就发臭了。
3 发芽阶段管理不当。黄豆发芽不需要一直泡在水里，只需要维持湿润透气的环境即可，如果发芽时一直闷在积水中，不按时淋水冲掉豆子代谢出来的废物，也不保证环境透气，杂菌会持续繁殖积攒异味，用不了两三天整批豆子就会发臭坏掉。