健康成年人肠道菌群整体分布占比的核心特点为：99%以上的菌群定植在结肠等大肠部位，门水平上厚壁菌门、拟杆菌门合计占总菌群的90%以上，不同肠段、不同个体间的占比差异明显，核心功能菌的占比维持动态平衡。
1 不同肠段的分布占比差异极大。受胃酸、蠕动速度、氧含量等影响，胃和小肠上段的菌群丰度很低，总占比不到全消化道菌群的1%，其中胃内每毫升内容物仅含几十到几千个细菌，以耐酸的链球菌、乳杆菌为主；小肠中段到末段的菌群占比约为全消化道的0.1%-1%，丰度逐步上升，仍以厚壁菌门的乳杆菌、肠球菌为主要优势类群；结肠、直肠等大肠部位，因为食物残渣停留时间长、环境温和，富集了全消化道99%左右的菌群，总丰度能达到每克内容物10^10到10^12个细菌。
2 门水平的优势类群占比整体稳定，不同个体的占比浮动符合饮食特征。健康成年人肠道菌群中，厚壁菌门占比为50%-80%，拟杆菌门占比为20%-40%，两个门类加起来占总菌群的90%以上，是绝对的优势类群；剩余不到10%的部分，由放线菌门（占1%-10%，代表是双歧杆菌）、变形菌门（健康人中占比多低于1%，代表是大肠杆菌）、疣微菌门、梭杆菌门等小众类群组成。整体来看，日常高脂高肉饮食的人群厚壁菌门占比偏高，高膳食纤维饮食的人群拟杆菌门占比会更高一些。
3 按定植空间划分的两类菌群占比不同，稳定性也有区别。游离在肠腔、随粪便流动的管腔菌群，占总肠道菌群的80%以上，主要负责分解食物中的多糖、蛋白质等营养物质，占比容易受近期饮食变化影响；附着在肠黏膜表面的黏膜菌群，占总菌群的比例不到20%，和肠道屏障、免疫调节关系更密切，占比相对稳定，不容易受短期饮食、排便的影响。