肠道菌群对免疫系统有多种作用。肠道菌群可以促进免疫系统的发育和成熟。在婴儿出生后不久，肠道菌群开始形成，并与宿主免疫系统进行相互作用。这种相互作用可以促使免疫系统对微生物产生适应性反应，并逐渐建立起对有害微生物的防御机制。
肠道菌群可以调节免疫系统的平衡。肠道菌群中的益生菌可以通过产生抗菌物质、调节肠道环境等方式抑制有害菌的生长，维持肠道菌群的稳定。这种稳定的菌群结构可以保持免疫系统的平衡，避免过度活化或抑制免疫反应。
肠道菌群还可以通过调节免疫细胞的功能来影响免疫系统。肠道菌群中的一些菌种能够刺激免疫细胞的活化，并促进其产生抗炎因子和抗病毒因子，从而增强免疫系统对病原微生物的抵抗能力。肠道菌群还可以调节免疫细胞的平衡，阻止免疫系统对自身组织产生攻击，从而预防自身免疫性疾病的发生。
肠道菌群不仅是消化系统的重要组成部分，也与免疫系统密切相关。通过调节免疫系统的发育、平衡和功能，肠道菌群对维护机体的免疫健康起着重要作用。