肠道菌群主要存在于消化道，包括胃、小肠以及大肠。
胃中的菌群数量相对较少，主要是由口腔中的细菌进入胃中。胃酸能够抑制菌群的生长，因此胃中的菌群相对较少且种类较少。
小肠中的菌群数量也比较少，主要是由胆汁、胰液和肠道黏膜的分泌物清洗掉。小肠的运动也有助于减少菌群的数量。
大肠是肠道菌群最为丰富和重要的栖息地。大肠中的菌群主要由产气菌（如埃希菌和大肠杆菌等）和乳酸菌（如乳酸杆菌和双歧杆菌等）组成。这些菌群对人体的健康起到重要作用，包括参与食物消化、合成维生素和酶、抑制病原菌的生长等。
肠道菌群主要存在于胃、小肠和大肠，其中大肠是菌群最为丰富的部位。