儿童自闭症与肠道菌群之间存在一定的关系，尽管具体的机制尚不清楚。一些研究发现，自闭症患者的肠道菌群组成与正常人存在差异，表明肠道菌群可能与自闭症的发病过程有关。
肠道菌群可以影响大脑的开发和功能。肠道菌群中的细菌可以产生多种化学物质，其中一些可以穿过血脑屏障影响大脑功能。这些物质可能会影响神经递质的合成和释放，从而影响大脑的发育和功能，进而可能与自闭症的发生相关。
肠道菌群的失调可能导致肠道屏障功能异常。肠道屏障是肠道内和体内环境之间的一个重要障碍，它可以防止有害物质进入体内。如果肠道菌群失调导致肠道屏障功能异常，有害物质可能进入体内，触发免疫反应和炎症反应，从而影响大脑的正常功能。
一些研究还发现，给自闭症患者口服益生菌可以改善他们的社交和行为问题。这可能是因为益生菌可以帮助调节肠道菌群，改善肠道屏障功能，减少有害物质的产生和进入体内，从而改善大脑功能。目前关于益生菌对自闭症的治疗作用仍需要更多的研究来证实。
儿童自闭症与肠道菌群之间存在一定的关系，但具体的机制尚不清楚。进一步的研究可能有助于揭示这种关系，并为自闭症的治疗提供新的思路。