凌晨六点小腹疼醒可能有多种原因，其中一些常见的包括：
1. 消化问题：凌晨六点可能是身体开始消化前一天晚上食物的时间，如果有消化问题，例如胃酸倒流、溃疡、胃炎等，可能会引起小腹疼痛。
2. 膀胱问题：如果你在凌晨六点因为膀胱问题而醒来，例如尿频、尿急、尿道感染等，可能会导致小腹疼痛。
3. 器官问题：有一些器官位于小腹附近，例如肾脏、肠道、子宫等，如果这些器官有问题，例如肾结石、肠胃炎、月经痛等，可能会引起小腹疼痛。
4. 睡眠姿势问题：睡觉时的姿势可能会对身体造成一定的压力，例如压迫膀胱、肠道等，导致小腹疼痛。
5. 精神压力和紧张：精神压力和焦虑等情绪问题可能会影响身体的各个方面，包括引起小腹疼痛。
如果你经常在凌晨六点出现小腹疼痛，建议咨询医生以明确病因，进行进一步检查和治疗。