小鼠肠道菌群主要由以下几类微生物组成：
1. 厌氧菌：包括厌氧梭菌属（Clostridium）、变形杆菌属（Bacteroides）等。
2. 好氧菌：包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、肠球菌属（Enterococcus）等。
3. 粪肠球菌：主要由大肠埃希菌（Escherichia coli）等组成。
4. 真菌：主要有酵母菌（Saccharomyces cerevisiae）等。
5. 厌氧真菌：主要有拟盘菌（Aspergillus）等。
这些微生物在小鼠肠道中起着重要的作用，包括帮助消化食物、维持肠道屏障功能、调节免疫系统等。它们与小鼠的健康状况密切相关，不同菌群的失衡可能会导致肠道疾病的发生。