肠道中的有益菌主要包括以下几种：
1. 双歧杆菌（Lactobacillus）：双歧杆菌是最常见的肠道有益菌之一，能够降低肠道内有害菌的数量，维护肠道菌群平衡，并帮助消化食物、合成维生素等。
2. 双歧球菌（Bifidobacterium）：双歧球菌也是一种常见的肠道有益菌，具有调节免疫功能、促进食物消化吸收等作用，对维持肠道健康非常重要。
3. 酪酸菌（Propionibacterium）：酪酸菌是一种益生菌，主要存在于人体的皮肤和消化道内，可以产生有益的有机酸，抑制有害菌的生长，维护肠道微生态平衡。
4. 枯草杆菌（Bacillus subtilis）：枯草杆菌是一种广泛存在于土壤和环境中的有益菌，具有抗菌、抗氧化、调节免疫功能等作用，对维护肠道健康有一定的促进作用。
5. 链球菌（Enterococcus）：链球菌是一种益生菌，具有调节免疫功能、抑制有害菌生长等作用，对维持肠道健康具有重要作用。
6. 链球菌（Streptococcus）：链球菌是一种常见的肠道有益菌，可以产生有机酸、抗菌物质等，维护肠道菌群平衡，促进肠道蠕动，提高食物消化吸收能力。
以上是常见的肠道有益菌，但肠道菌群是复杂多样的，还有很多其他的有益菌种类，如乳酸菌、球菌、放线菌等。肠道菌群的种类和数量因人而异，不同的有益菌在肠道中所起的作用也有所不同。