肠道里有大约1000种以上的细菌。这些细菌构成了人体肠道微生物群落,也被称为肠道菌群。其中,最常见的细菌属于六个主要的菌群:厌氧菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、嗜热菌门(Thermophiles)、变形菌门(Proteobacteria)和古菌门(Archaea)。不同的人体肠道菌群组成可以有所不同,且肠道微生物群落的结构和组成在个体之间也有很大的差异。
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