凌晨5点小腹经常隐隐作痛可能有多种原因。以下是一些可能的原因：
1. 消化问题：小腹隐痛可能与消化问题有关，例如胃溃疡、胃炎或消化不良。在凌晨5点，胃的酸度可能较高，这可能导致疼痛感。
2. 肾结石：肾结石也可以引起小腹隐痛。这种疼痛通常从腰部开始，然后扩散到小腹。
3. 膀胱问题：膀胱感染或膀胱结石也可能导致小腹疼痛。
4. 肠道问题：肠道问题，如炎症性肠病（如克罗恩病或溃疡性结肠炎）或肠梗阻，也可能引起小腹隐痛。
5. 月经问题：如果是女性，小腹隐痛可能与月经周期有关。在月经周期的某些时期，一些女性可能会感到隐痛或不适。
如果这种疼痛频繁出现或持续时间较长，建议就医咨询以进行进一步的诊断和治疗。医生会根据症状、体检和可能的检查（如血液检查、尿液检查、超声波等）来确定问题的原因，并给出相应的治疗建议。