吴茱萸和山茱萸是两种不同的植物，它们有以下区别：
1. 科属不同：吴茱萸是属于五加科吴茱萸属的植物，而山茱萸是属于山茱萸科山茱萸属的植物。
2. 外形差异：吴茱萸是一种小乔木，高度可达3-6米，树皮灰褐色，叶子为羽状复叶；山茱萸则是一种灌木，高度一般不超过2米，树皮暗褐色，叶子为互生单叶。
3. 分布区域不同：吴茱萸主要分布在中国的长江流域地区，山茱萸则分布在中国的南方、西南地区以及东南亚等地。
4. 主要用途不同：吴茱萸的果实可食用，具有药用价值，常用来制作茱萸巴豆等中药；山茱萸的果实也可食用，但相对来说更多被用来制作果酱、糖蜜等食品。
吴茱萸和山茱萸在科属、外形、分布区域和主要用途等方面都存在明显的区别。