食品菌落总数超标的原因可以有多种可能性，包括以下几个方面：
1. 卫生条件不符合标准：食品加工环境、设备和人员的卫生条件不达标，导致细菌污染。例如，加工车间的清洁度不够，设备没有经过适当的清洗和消毒，操作人员没有严格遵守卫生要求等。
2. 储存和运输不当：食品在储存和运输过程中没有得到适当的冷藏或保鲜措施，导致菌落生长过快。例如，食品的储存温度超过了要求的范围，或者在运输过程中没有采取措施控制温度。
3. 使用了过期或不合格的原料：食品生产过程中使用了过期或不合格的原料，这些原料本身就可能含有细菌。例如，过期的肉类或蔬菜可能已经开始腐败并含有细菌。
4. 工艺不当：食品生产过程中的加工、烹饪或处理步骤不合理，没有达到灭菌的要求，导致细菌繁殖。例如，烹饪温度不够高或时间不够长，无法完全杀死细菌。
5. 不洁净的包装材料：食品包装材料本身可能含有细菌，或者在包装过程中没有得到适当的清洗和消毒。
食品菌落总数超标的原因通常是由于卫生条件不符合标准、储存和运输不当、使用了过期或不合格的原料、工艺不当以及不洁净的包装材料等因素导致的。为了确保食品安全，生产者需要加强卫生管理，严格控制原料和生产过程，并确保合理的储存和运输条件。