大肠主要存在的细菌包括：
1. 大肠杆菌（Escherichia coli）：是人和动物肠道中最常见的细菌之一，大部分大肠杆菌对人体有益，但也有一些致病菌会引起胃肠道感染。
2. 埃希菌（Aeromonas）：一类引起胃肠道感染和食物中毒的细菌，常见于水体中，也可引起皮肤和软组织感染。
3. 梭菌属（Clostridium）：包括许多致病菌，如产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）和难辨梭菌（Clostridium difficile），引起食物中毒和肠道感染。
4. 厌氧菌：生长在缺氧环境中的细菌，包括双歧杆菌（Bifidobacterium）和乳酸杆菌（Lactobacillus），这些菌群对人体有益，能够帮助消化和吸收营养物质。
5. 弧菌属（Vibrio）：包括霍乱弧菌（Vibrio cholerae）、弧菌（Vibrio parahaemolyticus）等致病菌，引起严重的胃肠道感染和食物中毒。
6. 粪肠球菌（Enterococcus）：一类常见于大肠中的细菌，大多数是人体的共生菌，但某些菌株也可以引起感染。
7. 菌群（Bacteroides）：与人体营养消化密切相关的细菌群，参与膳食纤维的分解，产生有益代谢产物。