有益菌包括以下菌种：
1. 双歧杆菌（Lactobacillus）
2. 常柿假丝酵母菌（Saccharomyces boulardii）
3. 双歧球菌（Bifidobacterium）
4. 枯草芽孢杆菌（Bacillus coagulans）
5. 亚麻酸球菌（Lactococcus lactis）
6. 发酵乳杆菌（Streptococcus thermophilus）
7. 绿叶酸杆菌（Lactobacillus rhamnosus）
8. 弧菌（Vibrio）
9. 乳酸杆菌（Lactococcus）
10. 白色念珠菌（Candida albicans）
以上是常见的有益菌种，不同的有益菌种对人体的益处也不同。