人类肠道主要菌群包括：
1. 双歧杆菌（Lactobacillus）
2. 枯草菌（Bifidobacterium）
3. 肠球菌（Bacteroides）
4. 菌群类芽孢杆菌（Clostridia）
5. 厌氧梭菌（Clostridium difficile）
6. 病原性大肠杆菌（Escherichia coli）
7. 易变杆菌（Enterobacter）
8. 肠球菌属（Bacteroides fragilis group）
9. 耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌（MRSA）
10. 铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）