1. 原核生物：包括古细菌（Archaea）和细菌（Bacteria）两大类。
2. 真核生物：包括真菌（Fungi）和原生动物（Protozoa）两大类。
3. 病毒：肠道中还有许多病毒，包括流感病毒、肠病毒、冠状病毒等。
4. 古生菌：一种古老的原核生物，它们可以在高温、低氧、高压等极端环境下生存。
5. 放线菌：一种常见的细菌，能分解杂质和生产抗生素。
6. 厌氧菌：需要低氧或无氧环境才能生存的细菌。
7. 乳酸菌：一类有益的细菌，可以发酵产生乳酸，维持肠道的酸碱平衡。
8. 纤维素分解菌：能分解植物纤维素，为其他细菌提供能量。
9. 营养菌：一类能分解食物并提供营养的细菌。