凌晨肚子疼醒可能有很多原因，如以下几种：
1. 消化问题：晚餐过于丰盛或太晚吃夜宵可能会导致消化不良或胃部不适。
2. 腹泻：肚子疼可能是腹泻的症状，腹泻可能是由吃坏食物或感染病毒造成的。
3. 绞痛：绞痛通常是因为肠道或胃部的问题引起的，这可能与胃溃疡、胆结石、阑尾炎、胰腺炎等疾病有关。
4. 经期问题：经前或经后肚子疼可能与月经周期、卵巢囊肿、子宫内膜异位症等女性生殖系统问题有关。
5. 腹部损伤：肚子疼可能是由于腹部的损伤引起的，如扭伤、拉伤或腹部撞击。
如果肚子疼持续时间较长或情况较严重，建议及时就医诊治。