支原体和衣原体都属于细胞内微生物，与细菌有许多不同之处：
1. 结构上：支原体和衣原体的结构比细菌简单，没有真正的细胞壁和细胞膜。它们的细胞壁和外层膜都是由蛋白质和糖类构成的。而细菌则有明显的细胞壁和细胞膜。
2. 大小上：支原体和衣原体的大小比细菌更小，通常只有0.2-1微米，而细菌大小则介于0.5-5微米之间。
3. 增殖方式上：支原体和衣原体无法独立增殖，必须寄生在宿主细胞内。而细菌可以在任何合适的环境下繁殖。
4. 能力上：支原体和衣原体能够引起一些人类疾病，如沙眼、肺炎、支气管炎等。而细菌也可以引起多种疾病，但比起支原体和衣原体，细菌的种类更加多样化。
5. 抗生素灵敏性上：支原体和衣原体通常比细菌更难被抗生素治疗，因为它们位于细胞内，抗生素难以穿透宿主细胞进入细胞内达到有效浓度，所以治疗较为困难。