胃肠功能紊乱可以由多种菌属和菌种引起，常见的包括：
1. 大肠杆菌（Escherichia coli）
2. 肠球菌（Staphylococcus）
3. 肠病毒（Enterovirus）
4. 腺病毒（Adenovirus）
5. 好氧菌（Aeromonas）
6. 产气杆菌（Clostridium perfringens）
7. 肠道链球菌（Streptococcus faecalis）
8. 溶血性链球菌（Streptococcus pyogenes）
9. 鲍曼不动杆菌（Pseudomonas aeruginosa）
10. 草绿微球菌（Enterococcus faecium）等。