新鲜核桃发苦主要是种皮残留苦味物质、核桃变质、品种或处理不当这三类原因造成的。
1. 新鲜核桃的果仁外面包裹着一层褐色薄软种皮，这层种皮本身就含有大量单宁、黄酮类天然苦涩物质，很多人吃新鲜核桃时懒得把这层薄皮完全剥干净，残留的种皮就会让核桃仁带上明显的苦味，而且刚摘下的新鲜核桃种皮活性高，苦涩味会比干核桃的种皮更重。
2. 新鲜核桃的水分含量远高于干核桃，如果采摘后存放时间太长、存放环境潮湿闷热，很容易发生霉变或者脂肪氧化变质，变质的核桃仁会产生带苦味的代谢物，一般还会伴随果仁发黑、质地变糠、有哈喇味的情况，这种发苦的核桃绝对不能吃。
3. 部分野生核桃或者专门用来榨油的核桃品种，本身种仁的苦味就比普通食用鲜核桃重；还有少数商家为了延长鲜核桃的保存时间、给核桃外皮漂白卖相更好，会用化学药剂浸泡处理，药剂残留渗入种仁后，也会让核桃吃起来发苦。