肠道菌群失调确实会影响营养吸收。
1. 正常的肠道菌群会承担不少人体自身完成不了的营养相关工作，比如分解我们自身消化酶搞不定的复杂膳食纤维、抗性淀粉，还能合成B族维生素、维生素K等人体必需的营养。当菌群失调后，有益菌数量大幅减少，这些分解和合成工作没法正常开展，不仅吃进去的营养没法充分拆解出来供身体吸收，还会缺失自身合成的那部分营养素，直接拉低了整体的营养吸收效率。
2. 菌群失调会破坏负责吸收营养的肠道结构。有害菌大量繁殖后会产生不少代谢毒素，持续刺激肠黏膜，很容易引发肠黏膜水肿、肠绒毛萎缩，而肠绒毛正是肠道吸收营养的核心微小结构，一旦它受损，哪怕营养已经充分分解，也没法正常被肠道吸收进入血液，长期严重的菌群失调还可能引发肠漏，进一步干扰吸收功能。
3. 菌群失调会打乱肠道的吸收环境和蠕动节奏。多数菌群失调的人都会有排便异常的问题，要么是频繁腹泻，肠道蠕动太快，食物还没来得及充分吸收就被排出体外；要么是长期便秘，有害菌代谢产生的毒素长期滞留在肠道内，持续损伤肠黏膜。同时菌群失调还会改变肠道的酸碱环境，打乱营养转运的正常过程，进一步降低营养吸收的效率。