根据消化系统损伤的程度、个人代谢情况以及调理干预方式的不同，重建消化系统的时间从3个月到2年以上不等。
1 如果只是轻度的消化系统功能紊乱，比如只是短期饮食不规律导致的肠道菌群轻度失调、一过性胃动力不足，没有器质性损伤，一般3~6个月就能完成重建。这类情况只要及时改掉高糖、重油、熬夜这些伤肠胃的习惯，规律三餐，适当补充益生菌，大多数人3个月左右就能恢复正常，肠胃敏感度高的最多半年也能稳定。
2 如果是伴随轻度器质性损伤的中度问题，比如慢性浅表性胃炎、轻度肠易激综合征、长期服药导致的轻微胃黏膜损伤，一般需要6个月~1年半才能完成重建。这类情况除了调整生活习惯，通常还需要配合药物修复黏膜、调节功能，肠胃黏膜更新换代需要时间，整体功能的稳定也需要长期维持健康习惯，代谢偏慢或者调理初期不严格的，时间会偏长一些。
3 如果是比较严重的消化系统损伤，比如做过胃肠切除手术、患有萎缩性胃炎伴肠化、炎症性肠病等问题，重建一般需要1年半~2年以上，部分严重损伤甚至无法完全重建到原本的状态。这类情况消化系统的结构和细胞状态已经发生了较明显的改变，需要长期的医疗干预和生活管控，大多需要2~3年才能逐步稳定住正常消化功能，严重的只能维持病情不进展，无法***恢复到健康状态。